科学社会主义研究所的前身是北京大学马克思列宁主义毛泽东思想研究所（简称马列所）。1979年9月，校党委常委会向教育部报送《关于成立北京大学马克思列宁主义、毛泽东思想研究所的请示》，1980年马列所正式成立。

　　马列所成立后，主要围绕科学社会主义基本理论、中国社会主义现代化建设的理论和实践问题进行科研和教学。所内教师集体编写了《社会主义社会论纲》（人民出版社1986年）、《伟大的探索——十一届三中全会以来中国共产党对科学社会主义理论的运用和发展》（北京燕山出版社1987年）等著作。专著《革命与不断革命研究》（薛汉伟等著，甘肃人民出版社1984年），对马克思主义经典作家的有关理论作了系统深入的历史考察和研究，对当时理论界的正本清源起到了积极作用。在党的十三大召开之前出版的《社会主义社会阶段划分的理论和实践》（薛汉伟著，安徽人民出版社1987年），是国内第一部系统研究社会主义社会阶段划分和社会主义初级阶段的学术著作，对十三大之后社会主义初级阶段理论的研究起到了积极推动作用。这个时期出版的著作还有《当代世界社会主义的极左派——托派第四国际》（阎志民著，甘肃人民出版社1985年）等。

　　1987年，马列所开始招收科学社会主义专业硕士研究生，至今已连续招生36届，培养计划内硕士生220多名。1993年马列所获批准成为科学社会主义专业博士点，迄今已连续招生30届，培养博士生140多名。同时接收访问学者、进修教师和博士后进站培养。1992年，经学校批准，北京大学社会发展研究所成立，设在马列所内。1993年，马列所发起成立了跨学校文科院系的北京大学港澳台研究中心。

　　马克思主义学院成立后，马列所成为学院的重要组成部分。2006年，马列所更名为科学社会主义研究所。科社所先后主持承担全校（含北京大学深圳研究生院）“科学社会主义理论与实践”、“中国特色社会主义理论与实践研究”、“新时代中国特色社会主义理论与实践”等硕士生思政课程的教学；主持“形势与政策”课程；并参与全校本科生各门思政课的教学；开设了多门本、硕、博专业课程。教学成果曾获北京市优秀教学成果集体一等奖（1994年）、教育部首届“国家级一流本科课程”奖（线上课程团队，2020年）、北京大学教学优秀奖、曾宪梓优秀教学奖等。在教材建设方面，本所教师主持和参与了教育部多部全国统编教材和中央“马克思主义理论研究和建设工程”重点教材的编写，其中博士生思政课教材《中国马克思主义与当代》获首届“全国优秀教材奖”特等奖（2021年）。

　　科社所负责“科学社会主义与国际共产主义运动”学科建设，学科研究方向主要有社会主义历史和理论、中国特色社会主义、现代化理论和中国现代化、国外社会主义等。2001年，科学社会主义与国际共产主义运动学科被评为国家重点学科，北京大学成为全国首批拥有这一重点学科的三所高校之一。近30年来，科社所主持了多项国家社科基金重大项目和一般项目、教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目、教育部社科基金项目和政府委托研究项目；出版了一批处于学界领先地位的重要研究成果，一些理论观点产生了很大的社会影响和效益；提供了多篇咨政报告，得到中央领导同志重要批示和相关部门批示。科研成果曾获北京市哲学社会科学优秀成果一等奖等多个奖项。

　　科社所教师队伍具有勇于创新的精神，学术思想活跃，理论功底扎实，研究领域全面。在历任教师中，有薛汉伟、潘国华、阎志民、徐雅民、智效和、易杰雄、李青宜、尹保云、孙代尧等多名国内知名学者，在相关领域有重要学术影响。如著名马克思主义理论家薛汉伟教授，曾任首届教育部社会科学委员会委员、教育部人文社会科学研究专家咨询委员会委员、教育部马克思主义理论课教学指导委员会委员，入选首届“中国杰出社会科学家”名单。一些教师入选国务院政府特殊津贴专家、中宣部全国文化名家暨“四个一批”人才、国家“万人计划”哲学社会科学领军人才、国家社科基金学科评审组专家、国家出版基金评审专家、中央马克思主义理论研究和建设工程专家、教育部高等学校思政课教学指导委员会委员，在国家一级学会担任领导职务和学术期刊主编等。